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簡介
本系講座教授共 10 員(含 2 位中研院院士；1 位比利時院士)，專任教授 25位，其中有 7 位教授獲得國科會吳大猷紀念獎，2 位教授獲得科技部愛因斯坦計畫，1 位教授獲得科技部哥倫布計畫，2 位教授獲得教育部玉山青年學者，已成為陣容完整的學術研究團隊，領域涵蓋高分子與材料化學、生物分析、生醫光電科技、再生能源、超快動力研究、超高解析度光譜及理論計算化學、高等有機化學等，提供研究生充沛的研究資源。
在新一期教育部高教深耕計畫，「新世代功能性物質研究中心」以應化系為主並跨接其他院系，是全國少數獲教育部核准的特色領域研究中心並獲科技部專案重點補助的特色中心，貢獻於新世代綠能材料及柔性元件開發，新世代智慧生醫檢測及柔性電子技術開發等領域，幫助政府發展「綠能科技」與「生技產業」等創新產業。應化系每年的研究經費約為 1.5 億元。
在教學上，教師的教學實踐也受到學生肯定，多位老師得到陽明交大理學院優良教師與優良教學獎的肯定。在科學研究與產學應用上，應化系的研究團隊在 SCI 研究論文發表數穩定成長，無論就篇數與成長率均居陽明交大理學院之冠，與國內研究型大學的化學系並駕齊驅。
本系培養跨領域科技人才，並培養學生具備跨領域之能力，應化系分子科學碩士班以招收跨領域之物理、化學、應化、材料、生科、光電等領域之學生，口試方式需要以英文回答問題。各組修課規定並不相同，請參看課程資訊—碩士班修課規定與修業規章。
應化系國際化程度位居全國之首，聘請多位外籍講座教授
例如日本籍的增原宏教授、濵口宏夫教授，太田信廣教授、遠藤泰樹教授、柳日馨教授、戶部義人教授，均為在日本及國際上極有學術地位之學者。另外還有波蘭籍的魏恆理教授、日本籍的杉山輝樹教授與平松弘嗣副教授等，都是國際知名的研究學者。
本系教師開設化學專業的英語課程
數量與比例居全理學院最高，並開設多門進階的化學及材料英文課程。「新世代功能性物質研究中心」開設一門英文課程”創發性材料及元件特論”，由劉學儒教授負責邀請多位日本教授，介紹化學，物理，材料，工程和生物學相關領域的基礎知識和最新研究，增進學生之專業與外語能力。由於國際化的成功，本系學生有很多機會可以出國交換研習或是參加學術研討會，以開拓其視野。
應用化學系舉辦一系列國際研討會及workshop
一方面邀請傑出學人演講訪問，引進國際上最新資訊，一方面增加學生參與討論及腦力激盪之機會，提升研究水平。陽明交通大學應用化學系與日本學習院大學化學系，每年輪流舉辦學生研討會NYCU-Gakushuin Symposium，會議的過程以學生為主體，由學生擔任會議主席與演講者，此會議成為雙方研究生在研究生涯中不可或缺的一大盛事。應化系每年暑期固定辦理International Summer Course，至今已超過十年，每年有不同主題，均與嶄新材料與技術相關。近幾年內共邀請美國、日本、德國、加拿大及澳洲共17名教授前來演講，並有日方推派學生前來參加，與臺灣學生一起討論、交流並建立社群網絡，使年輕一輩早日建立國際聯繫，培養國際觀。
期刊發表
應化系分子科學碩士班新生入學獎學金
應化系分子科學碩士班：
1. 甄試入學直接錄取生：於開學前選定系上物理化學領域教授為指導教授者，核發新台幣5萬元獎學金。
2. 其餘甄試入學正取生：於開學前選定系上物理化學領域教授為指導教授者，每名核發新台幣4萬元獎學金。
3. 獲獎學生須報到後並於當學年度9月完成註冊就讀者，將核發新生入學獎學金。
***每學年獎學金金額會依實際情況調整並公告
選擇陽明交大應化系，有寬廣的就業出路，實現您的夢想
國內一流大企業擔任要職，如：
台積電、聯電、友達光電、群創光電、日月光半導體、台塑、長春化工、李長榮化工、長興化工、永信製藥、神隆生技…。
國內一流大學與國家研究單位任教，如：
陽明交通大學、台灣大學、清華大學、中央大學、中央研究院、國家同步輻射中心、工業技術研究院、國衛院。